La clorhexidina tiene propiedades antisépticas y desinfectantes, presenta acción bactericida y bacteriostática frente a gran variedad de variedad de bacterias, tanto Gram positivas como Gram negativas.
La clorhexidina desestabiliza y penetra las membranas de las células bacterianas. Precipita el citoplasma e interfiere con la función de la membrana, inhibiendo la utilización de oxígeno, lo que ocasiona una disminución de los niveles de ATP y la muerte celular. En las bacterias Gram-negativas, la clorhexidina afecta la membrana exterior permitiendo la liberación de las enzimas periplasmáticas.